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La représentation graphique des séquences et l'édition de séquences pour un compte-rendu

 

La fenêtre de dessin

 On peut envoyer des séquences annotées vers la fenêtre de dessin qui en donne une représentation graphique, par exemple après un alignement ADN ARNm.

L'envoi d'une séquence annotée à la fenêtre de dessin se fait avec le menu Edition/Dessiner la séquence

La réouverture de la fenêtre de dessin qui aurait été fermée s'obtient par le menu Document/Fenêtre de dessin. La fermeture de la fenêtre de dessin ne fait pas perdre les éléments qui s'y trouvaient.

Les outils de dessin (trait, forme et texte) sont disponible en haut de la fenêtre sous forme de boutons :

dans l'exemple suivant on a utilisé l'outil Texte pour ajouter un titre

Pour faire disparaître les marques de positionnement, cliquer en dehors de la zone dessinée.

Pour sélectionner un élément cliquer dessus. Sa couleur peut alors être choisie ou, si ce n'est pas un texte, il peut être redimensionné. Un texte sélectionné peut être modifié (clic droit).

Un texte peut être rattaché à une séquence il se déplacera ensuite en même temps que la séquence, mais pourra aussi être déplacé seul, si c'est le dernier élément sélectionné.

 

L'édition de séquences pour un compte-rendu

 Après avoir repéré les différences entre des séquences, si on veut en rendre compte dans un compte-rendu, on peut copier seulement des zones définies des séquences (des morceaux choisis).

Pour cela, utiliser le menu Edition/Copier. Une fenêtre s'ouvre alors

Les zones notées concernent les allèles de la glycosyl-transférase responsable des groupes sanguins A, B et O.

1-6 et 1058-1062 correspondent au début et à la fin des séquences.

521-525 correspond à la zone qui entoure la délétion de l'allèle O

698-702 et 791-802 correspondent aux zones où se trouvent les différences entre les allèles A et B.

Après avoir cliqué sur le bouton OK, on ouvre un traitement de texte, et on choisit la police de caractères Courier New pour que les lettres soient bien alignées verticalement.

On peut alors coller les extraits de séquence copiés dans génieGen (Edition/Coller ou Clic droit et Coller).

Le résultat est présenté ci-dessous :

La fenêtre de copie possède d'autres options qui peuvent être testées.

 

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