Enseigner les Sciences de la nature

logo ensl   Logo du ministère de l'éducation
logo CIRI logo Immuniser Lyon
logo LBMC logo Musée Mérieux
Logo Inserm igfl igfl logo CREATIS
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo geo 3d
Logo de Lyon 1 logo lgltpe 
Logo du Museum national des histoires naturelles
Logo du musée de Confluences
logo LBMC
logo LBMC
logos composé logo COP In My City logo Investissement d'avenirLogo du musée de Confluences
logo Météo France Logo du musée de Confluences
logo EVSlogo Grand Lyon
Vous êtes ici : Accueil / Outils numériques / Logiciels et bdd / GénieGen / Le traitement des séquences circulaires

Le traitement des séquences circulaires

Le logiciel GénieGen peut traiter les séquences circulaires d'ADN (ADN mitochondrial ou plasmides par exemple).

Déplacement dans la séquence

Dans ce cas, le déplacement dans la séquence ne s'arrête pas à la fin mais reprend au début. Le repère de position est alors donné en fonction du début de la séquence qui a été entrée.

Alignement de séquences

Dans le cas de séquences circulaires, l'alignement se fait en deux fois :

Le premier alignement se fait de manière traditionnelle, comme si les séquences étaient linéaires.

Le logiciel vérifie ensuite s'il n'y a pas de décalage dans le repérage du début des séquences (on constate un tel décalage avec certaines séquences d'ADN mitochondrial de Primates où la coupure n'est pas toujours au même endroit).

S'il y a un décalage, il est corrigé et un nouvel alignement est effectué.

Action des enzymes de restriction

Le logiciel tient compte du caractère circulaire de la séquence pour déterminer le nombre de fragments obtenus (avec une séquence circulaire, 1 coupure donne un seul fragment !)

Représentation graphique

Les séquences circulaires sont représentées par des cercles.