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RasTop comporte des options spécifiques pour agir sur la molécule ou sur l'environnement, et pour intervenir spécifiquement sur chaque élément de la visualisation : les atomes, les liaisons, les rubans et les surfaces. Attention : RasTop introduit la notion d'Univers, constitué de l'ensemble des molécules présentes dans une fenêtre. Beaucoup d'actions, notamment les rotations et déplacements, ont un effet différent suivant que l'Univers est sélectionné (bouton univers enfoncé ) ou pas (bouton relevé ).