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Présentation du pré-modèle fourni pour la modélisation de l'expérimention de l'INRA (étudiants/fibres)

Par Anne Florimond, publié le 03/05/2019, mise à jour le 02/06/2019
Description du pré-modèle destiné à préparer la modélisation de l’expérimentation de l’INRA
  • À son ouverture, le pré-modèle a cet aspect :

L'environnement du pré-modèle est un intestin. Afin que les entités soient confinées dans l'intestin, des contours ont été "cousus" autour de ce dernier. Attention à ne pas les gommer lors de l’utilisation du modèle !
Dans ce modèle, l'intestin renferme de nombreux exemplaires de trois groupes différents de bactéries afin de mimer la diversité et l'abondance des bactéries du microbiote. On sait en effet que quatre phyla (les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobacteria et les Proteobacteria) sont systématiquement retrouvés en majorité chez l’adulte et que parmi ces quatre groupes, les Firmicutes et les Bacteroidetes sont de loin les phyla les plus abondants On nomme donc respectivement "bactérie1" et "bactérie2" les Firmicutes et les Bacteroidetes, et on réunit tous les autres phyla dans un troisième groupe nommé "bactérie3", moins abondant.


Bien entendu, le microbiote intestinal d'un organisme est en réalité beaucoup plus riche en phyla. Il existe d'autre part une densité croissante de bactéries depuis la partie avant de l'intestin vers le colon, qui n'a pas été prise en compte dans le modèle numérique.

  • Les entités déclarées dans le panel :
bactérie 1 bactérie du groupe 1 : il s'agit des Firmicutes appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin
bactérie 2 bactérie du groupe 2 : il s'agit des Bacteroidetes appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin
bactérie 3 bactérie du groupe 3 : il s'agit essentiellement des Proteobacteria et des Actinobacteria, moins abondants que les Firmicutes et les Bacteroidetes, appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin
résidu_X résidu de la digestion d’un aliment X consommé par l’hôte lors d’un repas