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Vous êtes ici : Accueil / Thématiques / Microbes, Immunité et Vaccination / Dossiers thématiques / Monde microbien / Le microbiote dans le cadre du nouveau programme de Seconde (rentrée 2019) / Une symbiose entre le microbiote intestinal et son hôte - démarche simplifiée avec NetBioDyn

Une symbiose entre le microbiote intestinal et son hôte - démarche simplifiée avec NetBioDyn

Par Aurélien Schwob, publié le 12/07/2019, mise à jour le 02/09/2019
Proposition de démarche pédagogique guidée pas à pas, pensée pour minimiser les manipulations des modèles de simulation NetBioDyn

Pour montrer un bénéfice que l'hôte procure au microbiote qu'il héberge

Cette activité reprend la même démarche détaillée dans l'activité initiale, mais l'utilisation du logiciel NetBioDyn est simplifiée par l'exploitation de deux versions du modèle, dans lesquelles deux effectifs initiaux différents de l'entité "nutriment" ont été introduits par défaut, et qui permettent de comparer deux conditions de quantité de nutriments dans l'intestin : nutriments+.nbd et nutriments-.nbd.

L'utilisation du logiciel est ici réduite à faire tourner le modèle, sans le modifier, et à en extraire des informations, en suivant ce protocole détaillé.

Exemple de résultats obtenus pour les deux conditions :

Condition nutriments+.nbd, représentant l'évolution de l'effectif du microbiote (trois groupes d'espèces bactériennes) au cours de la simulation.

Condition nutriments-.nbd, représentant l'évolution de l'effectif du microbiote (trois groupes d'espèces bactériennes) au cours de la simulation.

Pour montrer un bénéfice que les bactéries du microbiote procurent à leur hôte

Ici aussi, l'activité reprend la démarche détaillée dans l'activité complète, mais en utilisant deux versions du modèle : microbiote_abondant.nbd et microbiote_peu_abondant.nbd, permettant de tester l'effet de l'abondance du microbiote sur une infection intestinale.

Il suffit de suivre le protocole détaillé fourni, qui précise les quelques étapes où il est nécessaire d'intervenir sur le modèle.

Exemple de résultats obtenus pour les deux conditions :

Condition microbiote_abondant.nbd, représentant l'évolution de l'effectif du microbiote (trois groupes d'espèces bactériennes en rose, bleu clair et bleu foncé) et des bactéries pathogènes (en violet clair) au cours de la simulation.

Condition microbiote_peu_abondant.nbd, représentant l'évolution de l'effectif du microbiote (trois groupes d'espèces bactériennes en rose, bleu clair et bleu foncé) et des bactéries pathogènes (en violet clair) au cours de la simulation.