La plateforme Nextstrain productrice d’arbres phylogénétiques
5 . La plateforme Nextstrain productrice d’arbres phylogénétiques
La plateforme fournit des arbres phylogénétiques traduisant les relations de parenté entre tous les génomes du Sars-CoV-2 qui ont été séquencés. Elle utilise donc en premier les séquences fournies par les chercheurs à l’échelle mondiale et rassemblées dans la banque de données GISAID. Les arbres sont construits grâce à des logiciels qui utilisent des algorithmes permettant d’obtenir l’arbre traduisant le mieux la phylogénie la plus probable, celle qui reflète le mieux les données. Ces algorithmes sont beaucoup plus complexes que la méthode élémentaire utilisée pour construire l’arbre des 9 séquences d’Ile de France. Cependant ils restent basés sur le partage des mutations plus ou moins important entre les séquences.
Les arbres fournis par Nextstrain évoluent avec le temps du fait qu’ils prennent en compte un échantillonnage de nouvelles séquences. Ils illustrent l’accroissement de la diversité de la population mondiale du Sars-Cov-2 par genèse de nouveaux sous clones au cours du temps à partir des clones préexistants.