La plateforme Nextstrain productrice d’arbres phylogénétiques
3 - La plateforme Nextstrain productrice d’arbres phylogénétiques
Grâce aux progrès considérables des techniques de séquençage, des milliers de génomes du virus ont été séquencés depuis le début de l’épidémie et rassemblés dans une banque internationale : Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (Gisaid). Un site (NextStrain) suit en continu cette production de séquences et les exploite en visualisant l’évolution du virus et en établissant les relations de parenté entre les souches virales. Cela représente le support qu’on peut utiliser au lycée, un modèle en quelque sorte de l’évolution génétique des populations cellulaires au sein de l’organisme.
La plateforme fournit des arbres phylogénétiques traduisant les relations de parenté entre tous les génomes du Sars-CoV-2 qui ont été séquencés. Elle utilise donc en premier les séquences fournies par les chercheurs à l’échelle mondiale et rassemblées dans la banque de données GISAID. Les arbres sont construits grâce à des logiciels qui utilisent des algorithmes permettant d’obtenir l’arbre traduisant le mieux la phylogénie la plus probable, celle qui reflète le mieux les données. Ces algorithmes sont complexes mais ils restent basés sur le partage des mutations plus ou moins important entre les séquences.
Les arbres fournis par Nextstrain évoluent avec le temps du fait qu’ils prennent en compte un échantillonnage de nouvelles séquences. Ils illustrent l’accroissement de la diversité de la population mondiale du Sars-CoV-2 par genèse de nouveaux sous clones au cours du temps à partir des clones préexistants.