Phylogénies de séquences françaises
12. Phylogénies de séquences françaises
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Fin avril 2020, les génomes de 204 virus prélevés sur des malades français ont été séquencés. L’arbre phylogénétique situe ces séquences « françaises » parmi la phylogénie mondiale de Sars-CoV-2.
Exploitation
A partir de l’analyse du document, indiquer si l’épidémie du Covid-19 en France est due à l’introduction d’une seule souche virale.
On constate que les séquences françaises sont réparties dans plusieurs clades (sous clones), ce qui indique plusieurs introductions en France. Si l’épidémie française n’avait été due qu'à une seule introduction, le dernier ancêtre commun à toutes les séquences françaises n’aurait pas été partagé par des séquences hors de France, ce qui n’est pas le cas d’après cet arbre. Toutefois, on constate que la majorité des séquences françaises sont regroupées dans le clone 614G de la phylogénie et que les séquences récoltées plus tôt sont dans des clades beaucoup moins importants.