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Conclusion

Par Naoum Salamé — Dernière modification 25/10/2020 09:46

Conclusion

  • Le coronavirus RaTG13 de la chauve-souris Rhinolophus affinis a un génome qui présente une identité avec celui du génome de Sars-CoV-2 de l’ordre de 96%, ce qui est supérieure à l’identité avec tous les coronavirus animaux et humains qui ont été séquencés. Cela traduit une étroite parenté entre RaRG13 et Sars-CoV-2 et laisse à penser que le Sars-CoV- 2 apparu en 2019 pourrait provenir du RaTG13 directement transmis à l’homme où il aurait évolué pour devenir la cause du Covid-19.

  • Une analyse précise des séquences du RaTG13 et du Sars-CoV-2 amène à mettre en cause cette filiation directe entre les deux coronavirus. En effet les deux génomes divergent dans une région précise de leur génome, celle qui code pour la protéine S ; Les protéines S du RaTG13 et du Sars-CoV-2 diffèrent en particulier dans leur domaine de liaison (RBD) aux récepteurs ACE2 des cellules humaines. Le RaTG13 ne peut se fixer aux récepteurs ce qui souligne qu’il ne peut être directement à l’origine du Sars-CoV-2.

  • Le coronavirus du Pangolin a une identité globale avec Sars-CoV-2 légèrement inférieure à 90% ce qui indique une parenté moins étroite avec Sars-CoV-2 que celle de RaTG13. Cependant, la région du génome du Pangolin qui code pour la protéine S et plus précisément son RBD a une très forte identité, supérieure à 97%, avec la région homologue du Sars-CoV-2. On a donc une situation opposée à celle trouvée avec le RaTG13. La séquence globale du génome du virus du pangolin est trop différente de celle du Sars-CoV-2 pour qu’il puisse être considéré comme l’ancêtre immédiat du Sars-CoV-2 comme le RBD du RaTG13 indique que ce virus ne l’est pas non plus.

  • Le Sars-CoV-2 doit être issu d’un coronavirus animal présentant un génome global identique ou très proche de celui du RaTG13 mais avec une région codant pour le RBD de la protéine S très proche de celle de la région homologue du coronavirus du Pangolin. Un tel virus ne peut que résulter d’une recombinaison génétique entre deux coronavirus. On ne sait si elle a eu lieu chez une chauve-souris ou chez un pangolin avant que le virus soit transmis à l’homme. Ensuite, le virus a évolué chez l’homme par des mutations et sous l’action de la sélection naturelle, est devenu de plus en plus capable de se multiplier efficacement

  • Les chercheurs chinois ont trouvé que dans des grottes du sud de la Chine vivaient des populations diverses de Chauve-souris, aux génomes différents. En outre, fréquemment les chauves-souris hébergent plus d’une sorte de coronavirus. Cela crée des conditions favorables à la recombinaison génétique et donc à l’émergence de nouveaux coronavirus. Mais les Chauve-souris ne transmettent généralement pas leurs coronavirus à l’homme mais à un hôte intermédiaire qui le transmet ensuite à l’Homme. Le risque est important lorsque l’hôte intermédiaire est un animal sauvage domestiqué par l’Homme. C’est le cas de la Civette pour l’épidémie du Sars-CoV1 de 2002. En revanche, pour le Sars-coV-2, on ne connait pas en 2020 quel est l’hôte intermédiaire.