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La famille multigénique des gènes HLA de classe I

Par Naoum Salamé Dernière modification 25/07/2019 17:56

La famille multigénique des gènes HLA de classe I

L'étude de l'origine du polymorphisme des gènes a révélé l'importance des mutations ponctuelles dans la diversification des génomes au cours de l'évolution. Mais ce mécanisme est loin d'être le seul. Dans le génome de tous les organismes existent des gènes dont le similitudes sont telles qu'elles impliquent une parenté entre eux: on dit que ce sont des gènes homologues paralogues. Ils proviennent tous d'un gène ancestral par duplications successives suivies d'une divergence plus ou moins importante des copies. L'ensemble des gènes ainsi apparentés forme une famille multigénique.

On peut remarquer que la duplication génique fait partie du processus général d'expansion du génome qui va de la répétition d'un triplet au sein d'un gène (c'est le cas du gène IT qui code pour la huntingtine) jusqu'à la polyploïdie (possession de plusieurs jeux de chromosomes).

Le système constitué par le système des gènes HLA de classe I permet de cibler deux aspects de l'évolution des génomes :

- le polymorphisme révélé par le grand nombre d'allèles présents dans les populations avec une fréquence élevée à chaque locus ;

- la duplication génique révélée par la similitude des séquences des trois locus.

Ainsi, les trois gènes HLA A, HLA B et HLA C ont la même organisation d'ensemble : 8 exons et 7 introns comme résumé dans le tableau ci-après.

  HLA A0201 HLA B2705 HLA CW301
Promoteur 0-27 0-27 9-27
Exon 1 28-125 28-124 28-124
Intron 1 126-364 125-253 125-255
Exon 2 265-524 254-623 256-525
Intron 2 525-765 524-764 526-767
Exon 3 766-1041 765-1040 768-1043
Intron3 1042-1640 1041-1615 1044-1631
Exon 4 1641-1926 1616-1891 1632-1906
Intron 4 1927-2015 1892-1983 1907-2027
Exon 5 2016-2130 1984-2103 2028-2147
Intron 5 2131-2568 2104-2554 2148-2588
Exon 6 2569-2604 2555-2576 2589-2622
Intron 6 2605-2746 2577-2682 2623-2776
Exon 7 2747-2794 2683-3334 2777-2824
Intron 7 2795-2963
 
2825-2988
Exon 8 2964-3528   2989-3408

Structures comparées des gènes HLA A0201, HLA B2705 et HLA CW301

L'alignement multiple (Fichier à créer) montre l'importance des sites identiques dans les séquences nucléiques (brin non transcrit) des 3 gènes. La similitude moyenne entre les gènes HLA A et HLA B est de 82,5 %, entre HLA A et HLA C de 83,5 %, entre HLA B et HLA C de 87%. La différence moyenne entre les trois gènes est environ 3 fois plus importante qu'entre allèles de même locus.

On s'est interrogé sur la signification évolutive de cette famille multigénique. Les trois gènes s'expriment dans la quasi totalité des cellules nucléées de l'organisme en codant pour des polypeptides dont la fonction est de présenter les peptides antigéniques aux lymphocytes T. Par suite du polymorphisme, la plupart des individus sont hétérozygotes pour chacun de ces gènes ; comme il y a codominance, cela fait que chaque personne possède six types d'antigènes HLA de classe I, ce qui augmente la capacité à présenter des peptides et sans doute celle de réagir à une multiplicité d'agents pathogènes.

Comparaison des séquences nucléiques des gènes HLA A, HLA B et HLA C (alignement 2 par 2)

HLA A0201 0    
HLA B2705 953 0  
HLA CW301 935 990 0
  HLA A0201 HLA B2705 HLA CW301
Longueur des séquences 1098 1089 1101

Nombre de positions identiques

Comparaison des séquences protéiques des gènes HLA A, HLA B et HLA C (alignement 2 par 2)

HLA A0201 0    
HLA B2705 306 0  
HLA CW301 293 304 0
  HLA A0201 HLA B2705 HLA CW301
Longueur des séquences 365 362 366

Nombre de positions identiques

On peut compléter ces comparaisons par la visualisation de l'alignement simultané des 3 séquences nucléiques et protéiques.

Ficheir à créer