Recherche des différences entre les allèles d'un gène HLA
Recherche des différences entre les allèles d'un gène HLA
Les seules séquences sur les allèles HLA A suffisent pour dégager les idées essentielles. On peut proposer de chercher séparément (action Comparer les séquences dans Anagène ; comparaison des allèles deux à deux) :
- Les différences entre les allèles correspondant à une même spécificité sérologique : les allèles du groupe HLA A2 ou ceux du groupe HLA A24 par exemple.
| HLA A0201 | 0 | |||
| HLA A0210 | 4 | 0 | ||
| HLA A0211 | 2 | 6 | 0 | |
| HLA A0212 | 2 | 6 | 4 | 0 |
| HLA A0201 | HLA A0210 | HLA A0211 | HLA A0212 |
| HLA A2401 | 0 | ||
| HLA A2402 | 5 | 0 | |
| HLA A2403 | 7 | 2 | 0 |
| HLA A2401 | HLA A2402 | HLA A2403 |
Matrices des différences entre quelques allèles de HLA A2 et HLA A24
Représentation des différences entre quelques allèles de HLA A02
- Les différences entre allèles appartenant à des spécificités différentes :
| HLA A0101 | 0 | |||
| HLA A0201 | 50 | 0 | ||
| HLA A1101 | 12 | 50 | 0 | |
| HLA A2401 | 47 | 49 | 48 | 0 |
| HLA A0101 | HLA A0201 | HLA A1101 | HLA A2401 |
Matrice des différences entre HLA A0101, HLA A0201, HLA A1101, HLA A2401.
Les élèves doivent rassembler les informations obtenues et dégager l'originalité des différences allèliques des gènes HLA par rapport à celles vues sur d'autres gènes : uniquement des substitutions ; grand nombre de différences entre allèles de spécificité sérologique différente ; nombre de différences beaucoup plus faible entre allèles de même spécificité sérologique.
Une analyse plus fine consisterait à comparer les séquences de plusieurs allèles de façon à voir qu'il existe des sites qui sont conservés et d'autres qui sont variables.
La banque de séquences constituée comporte les données suivantes :
- les gènes HLA A01, HLA A02, HLA A11, HLA A24, HLA B27, HLA CW3
- 4 allèles de HLA A02
- 3 allèles de HLA A24
- 6 allèles de HLA B27