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Recherche des différences entre les allèles d'un gène HLA

Par Naoum Salamé Dernière modification 25/07/2019 17:56

Recherche des différences entre les allèles d'un gène HLA

Les seules séquences sur les allèles HLA A suffisent pour dégager les idées essentielles. On peut proposer de chercher séparément (action Comparer les séquences dans Anagène ; comparaison des allèles deux à deux) :

- Les différences entre les allèles correspondant à une même spécificité sérologique : les allèles du groupe HLA A2 ou ceux du groupe HLA A24 par exemple.

HLA A0201 0      
HLA A0210 4 0    
HLA A0211 2 6 0  
HLA A0212 2 6 4 0
  HLA A0201 HLA A0210 HLA A0211 HLA A0212
HLA A2401 0    
HLA A2402 5 0  
HLA A2403 7 2 0
  HLA A2401 HLA A2402 HLA A2403

Matrices des différences entre quelques allèles de HLA A2 et HLA A24

Représentation des différences entre quelques allèles de HLA A02

- Les différences entre allèles appartenant à des spécificités différentes :

HLA A0101 0      
HLA A0201 50 0    
HLA A1101 12 50 0  
HLA A2401 47 49 48 0
  HLA A0101 HLA A0201 HLA A1101 HLA A2401

Matrice des différences entre HLA A0101, HLA A0201, HLA A1101, HLA A2401.

Les élèves doivent rassembler les informations obtenues et dégager l'originalité des différences allèliques des gènes HLA par rapport à celles vues sur d'autres gènes : uniquement des substitutions ; grand nombre de différences entre allèles de spécificité sérologique différente ; nombre de différences beaucoup plus faible entre allèles de même spécificité sérologique.

Une analyse plus fine consisterait à comparer les séquences de plusieurs allèles de façon à voir qu'il existe des sites qui sont conservés et d'autres qui sont variables.

La banque de séquences constituée comporte les données suivantes :

- les gènes HLA A01, HLA A02, HLA A11, HLA A24, HLA B27, HLA CW3

- 4 allèles de HLA A02

- 3 allèles de HLA A24

- 6 allèles de HLA B27