La phylogénie par les mots

Ancêtre : Ce terme désigne l'être vivant théorique qui a pour descendance un ensemble d'espèces formant un groupe monophylétique. On parle d'ancêtre commun.
Cet être vivant disparu trouve sa place à un noeud.
Les caractéristiques de cet être vivant théorique sont donc déduites d'un arbre phylogénétique. Son portrait est très incomplet : Il n'est décrit que par les états dérivés partagés exclusivement par le groupe.
Ce terme est un faux ami car il ne doit pas être compris dans son sens courant : une phylogénie n'est pas une généalogie.

L'ancêtre ne peut pas être un fossile : la découverte d'un fossile crée de facto un nouveau noeud.

Exemple de la place d'un ancêtre commun dans un arbre.

L'ancêtre commun à la mésange et au crocodile se place au noeud 3

Adaptation :  Ce terme recouvre deux notions différentes.
Il décrit d'abord un état de fait : un organisme possède des caractéristiques qui lui permettent de vivre dans un environnement précis. L'ensemble de ces caractéristiques constitue une adaptation à ce milieu.

Ce terme décrit également les mécanismes qui ont mis en place ces caractéristiques.

Apomorphie : synonyme d'état dérivé

Arbre : représentation graphique d'une matrice. Un arbre peut être un cladogramme, un phénogramme ou un arbre phylogénétique.

Clade: Groupe monophylétique

Cladistique : cette méthode a été inventée par l'entomologiste allemand W. Hennig en 1940 . Elle propose d'établir des liens de parenté entre êtres vivants par le partage exclusif d'états dérivés de caractères homologues. Elle crée donc des groupes ou clades qui ont une signification évolutive.

Cladogramme : représentation graphique traduisant les relations de parenté, établies par application de la méthode cladistique.
Ce n'est pas encore un arbre phylogénétique.

Dendrogramme : représentation graphique sous forme d'arbre.

Etat ancestral : synonyme d'état primitif. (On lira parfois caractère ancestral, mais il vaut mieux, pour éviter la confusion utiliser le terme "état").

Etat dérivé : Etat d'un caractère résultant d'une innovation génétique. Seuls les états dérivés de caractères homologues sont utilisés en cladistique.

Etat évolué : synonyme d'état dérivé. Ce terme présente l'inconvénient d'être connoté  "progrès".

Etat primitif : Etat d'un caractère présent chez le groupe externe de référence. Ce mot doit être compris dans son sens originel : "primitif : premier".

Economie d'hypothèses : Cf. parcimonie

Extragroupe : taxon choisi à priori, il possède  les états ancestraux et permet de construire les groupes monophylétiques.

Homologie : Concept apparu avec Geoffroy Saint Hilaire. Deux structures sont homologues si elles ont les mêmes connections anatomiques dans le plan d'organisation. elles ont une même origine embryologique. Ces deux structures peuvent apparaître comme différentes dans leur fonction ou/et leur forme. (homologie primaire).
A opposer à analogie/Homoplasie.

Homoplasie : Similitude de forme entre deux caratères non homologues . (Cf. convergence, analogie).

Innovation : transformation d'un caractère chez un ancêtre, cette transformation est héritée, elle affecte donc le génome.

L'innovation peut se décrire au niveau génétique ou au niveau de l'expression génique. Cette nouveauté évolutive crée alors l'état dérivé du caractère en question.

Ce mot est employé différement  du sens commun où l'innovation est associé au progrès.

Matrice : Tableau à double entrée Taxons/caractères où les états sont précisés (codage : 0 état ancestral et 1 état dérivé). La matrice permet de construire les cladogrammes, le plus parcimonieux étant validé.

Exemple de matrice. 

Monophylétique : se dit d'un groupe contenant un ancêtre commun et tous ses descendants.Un groupe monophylétique est donc caractérisé par une ou des synapomorphies.

Le crocodile et la mésange forment un groupe monophylétique défini par la synapomorphie " présence d'une fenêtre mandibulaire ". C'est le groupe monophylétique des Archosauriens.

Exemple de noeuds.

Le lézard et le crocodile  forment un groupe paraphylétique ( Les anciens reptiles). Le groupe des reptiles pour être valide devrait comprendre la mésange (les Oiseaux).

Autre exemple de groupe paraphylétique : les Dinosaures si les oiseaux en sont exclus.

Polyphylétique : groupe artificiel qui contient des taxons mais pas tous leurs ancêtres communs.

Phylum : ensemble de taxons apparentés.

Phénétique : méthode d'établissement de phylogénies basée sur le dénombrement des caractères partagés.

Parcimonie : principe de base permettant de choisir entre les cladogrammes générés d'après une matrice. Le cladogramme retenu est celui qui demande le minimum de pas évolutifs c'est à dire le minimum d'hypothèses (= économie d'hypothèses).

Plésiomorphe : synonyme d'état ancestral.

Parenté : deux taxons sont apparentés s'ils partagent de façon exclusive un ancêtre commun.

Phylogénie : Mot forgé par Haeckel en 1866. Décrit l'histoire évolutive d'un groupe d'êtres vivants en retraçant l'ordre d'apparition des innovations et les degrés de parenté.

Polarisation :  On ne sait pas, à priori, lequel des deux états d'un caractère homologues est l'état dérivé. Ce choix consiste à polariser le caractère.

Résolu : Un arbre est dit résolu quand tous les taxons qu'il contient sont séparés les uns des autres par un noeud. La résolution d'un arbre dépend des caractères choisis.

Certains taxons n'ont pas encore de position phylogénétique clairement définie : la phylogénie est une science en marche...

Synapomorphie : états dérivés exclusifs partagés par deux (ou plus) groupes et qu'ils héritent d'un dernier ancêtre commun. Partage d'apomorphie.

Systématique : science des classifications. La systématique moderne est phylogénétique.

Taxon : unité de phylogénie, un taxon peut être une espèce, une famille, un ordre... Ce concept évite de créer une hiérarchie entre groupes. Un taxon est donc un groupe monophylétique.

Taxonomie:  science qui étudie les méthodes de classification