Fonctionnalités d'Anagène2Plus
Simplification du DotPlot
Dans sa version antérieure, le graphique de ressemblance fonctionnait avec les valeurs par défaut suivants : recherche de 8 éléments identiques sur 9 ; affichage de 4 niveaux de ressemblance (6 éléments identiques sur 9, 7 éléments sur 9, 8 sur 9 et enfin 9 sur 9 (couleur rouge). Ceci posait des problèmes à la fois pour expliquer le principe du graphique et pour en interpréter le résultat. D'autant plus que dans la majorité des cas, au Lycée, on recherche des segments strictement identiques : mise en évidence de la structure d'un gène en exons et introns (notion d'épissage) ; segments répétés tout au long de la séquence ; bricolage moléculaire par réemploi de segments existants, etc.
Par défaut, le dotplot met maintenant en évidence l'identité totale (9/9) marquée en rouge. Il est toujours possible de modifier les paramètres si on s'intéresse à divers niveau de ressemblance ou si l'on souhaite augmenter les contrainte (rechercher des segments répétés plus longs).
L'alignement de l'ARNm de la globine bêta et de la séquence strictement codante.
Alignement multiple de séquences avec une installation sur serveur
L'alignement multiple de séquences avec mise en évidence des discontinuités utilise l'algorithme de CLUSTALW. Celui-ci nécessite l'écriture d'un fichier temporaire, ce qui, dans la version 2006, était réalisé dans le dossier même d'Anagène. Lorsque le logiciel était installé sur un serveur ou dans un répertoire sans droits d'écriture, une erreur était déclenchée.
Dans cette mise à jour, le logiciel chercherait à écrire le fichier transitoire dans le répertoire temporaire de Windows, toujours accessible.
Homogénéisation de l'affichage des identités et des différences
Cet affichage soulignait le degré d'identité des séquences dans le cas de l'alignement multiple avec discontinuités, et celui des différences dans le cas de la comparaison simple. Dorénavant, les deux valeurs sont données dans les deux types de comparaison.
Comparaison des deux variants 1 et 2 de GH1.