Spécificités de la version Lycée
La version Lycée est déclarée par des paramètres d'initialisation (phylini.ini).
Toutes les fonctions de la version Collège sont présentes dans cette version qui comporte en outre les spécificités suivantes :
- Désignation et coloration des états primitifs et évolués des caractères
- Etablissement de phylogénies à partir de données anatomiques et morphologiques
- Recherche dans les données
- Etablissement de phylogénies à partir de données moléculaires
Désignation et coloration des états primitifs et évolués des caractères
Accessible par la fonction Polariser.
Au départ, sont affichées la matrice et l'interface de codage.
1 - Désignation et coloration des états primitifs
On commence par choisir dans la liste déroulante un Extragroupe (ou Outgroup) comme référence.
Puis on clique sur le bouton "Colorer les états primitifs suivant l'extragroupe". Le bleu est proposé par défaut. On peut choisir également, si on le souhaite, la couleur du fond et celle de la bordure du cadre. Résultat :
2 - Désignation et coloration des états dérivés
On choisit une couleur pour le premier état dérivé (le fond jaune est proposé par défaut). On peut choisir également, si on le souhaite,la couleur du fond et celle de la bordure du cadre. Résultat :
Des couleurs différentes peuvent être affectées à différents états dérivés.
3 - On termine en cliquant sur Vérifier qui contrôle que tous les états des caractères ont bien été colorés.
Etablissement de phylogénies à partir de données anatomiques et morphologiques
L'activité Arbre est accessible de différentes manières.
A partir d'une matrice ouverte.
Deux modes sont possibles :
- Mode Edition (manipulation) de l'arbre : dans ce mode, l'arbre peut être établi on clique sur les noms des caractères ce qui montre quels taxons possèdent l'état dérivé (ou les états dérivés) et quels autres l'état ancestral. La phylogénie est établie en déplaçant les branches et en regroupant les taxons sur la base de l'état dérivé (ou des états dérivés) des caractères.
- Mode Exploration de l'arbre : dans ce mode, on clique sur les noeuds des branches pour connaître les attributs des ancêtres communs hypothétiques (reconstitution des caractères possédés ou non par chaque ancêtre).
L'accès à l'arbre peut aussi être consécutif à l'activité Polariser.
Dans ce cas, peuvent être exploités au choix, soit le codage de référence (celui fourni par les auteurs avec chaque collection) soit le codage personnel éventuel (il est conseillé dans le codage personnel de respecter le code couleur bleu pour l'état ancestral des caractères, jaune pour le premier état dérivé).
On peut éventuellement éditer et modifier ces codages :
Accès à l'arbre après l'activité Classer
(Noter qu'au lycée, l'établissement des relations de parenté peut précéder la classification).
Dans ce cas, c'est l'arbre correspondant strictement au groupement emboîté qui est affiché.
Recherche dans les données
Accessible par la fonction Rechercher du menu.
Etablissement de phylogénies à partir de données moléculaires
Phylogène est pour le moment identique dans son fonctionnement à la version précédente.
Nouvelles données : Continuité de la démarche entre approche anatomique et approche moléculaire. 18-02-2009