Établir des relations de parenté : plusieurs méthodes
 On représente les relations de parenté par un arbre phylogénétique établi par la méthode cladistique : un cladogramme. Plusieurs méthodes logiques sont envisageables pour construire un arbre. Dans tous les cas, il faudra faire attention à donner des consignes qui respectent le principe de la cladistique qui consiste à regroupes les taxons que s'ils partagent un caractère dérivé. La première méthode : construction par ajout de taxonsElle consiste à construire le cladogramme en ajoutant les taxons un par un. Il vaut mieux pour cela que la matrice des caractères ait été bien classée et que les états dérivés y soient colorés. Voici un exemple simple concernant les Amniotes :
Le plus simple est de partir des taxons du bas (ceux qui ont le moins d'états dérivés communs avec les autres). Attention à ce que Il faut éviter de sélectionner l'extragroupe qui ne partage (par définition) aucun état dérivé avec les autres (du moins dans le cadre du groupe étudié). On sélectionne donc le Chat sauvage et le Chimpanzé. On active alors le premier caractère : Amnios Les deux Taxons ont un état dérivé partagé en commun la présence de l'amnios, ils sont colorés en jaune et on peut les réunir dans une première amorce d'arbre :
On sélectionne ensuite le Lézard et on cherche le(s) état(s) dérivé(s) qu'il partage avec les deux autres :
et vérification pour les autres caractères (ici poils) : La logique cladistique est bien respectée. On continue avec le Crocodile : en explorant les caractères on trouve qu'il partage l'état dérivé des 2 fenêtres temporales uniquement avec le Lézard, ce qui justifie le branchement :
Après vérification, on passe à la Mésange :
Et enfin au Pigeon :
On peut, si on le souhaite, placer la Salamandre (extragroupe) à la racine, avec la justification que tous les Tétrapodes sont apparentés, mais il faut faire remarquer que ce branchement n'est pas justifié par la matrice. L'avantage de cette méthode est qu'elle est plus progressive et qu'elle est justifiée pas à pas. Les arbres construits à chaque étape sont pleinement justifiés et leur exploration pour obtenir le portrait-robot des ancêtres donne des résultats simples à comprendre. La deuxième méthode : Réunir tous les taxons puis les classer progressivement. C'est la méthode la plus rapide.On commence par activer tous les taxons (sauf l'extragroupe) et on les classe progressivement en activant les caractères un par un. Le "rateau" initial : Il est conseillé d'activer les caractères de droite à gauche (des moins partagés aux plus partagés).
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soit sélectionné.
l'amnios est partagé alors que les poils 
ne le sont pas. Le fait que Chat et Chimpanzé partagent un état dérivé commun non partagé par le Lézard montre que ce sont eux qui sont les plus étroitements apparentés. Il faudra donc brancher le Lézard sous le noeud de l'ancêtre commun des Mammifères et en revenant au caractère Amnios pour justifier le branchement :
résultat 
