Comparaison d'arbres d'aspects différents
Type d'exercice proposé :
Les figures suivantes montrent trois arbres indiquant les mêmes relations de parenté.
Ces arbres d’aspect différent peuvent être facilement obtenus avec Phylogène grâce à la fonction "permutations" 
au niveau de chaque nœud , ou de manière plus fine, en déplaçant les branches à la souris (figures suivantes).
a - on clique sur une branche
b - on maintient le bouton enfoncé lorsque l'on déplace la branche
c - on relâche le bouton de la souris.
Après avoir travaillé sur de tels arbres, l’élève doit avoir bien saisi que l’ordre des taxons à l’extrémité des branches n’apporte aucune information. Seule l'organisation des noeuds et la liste (non ordonnée) des branches qui en partent sont informatifs ("patern" de l'arbre). A chaque nœud, l'ordre des branches n'a aucune importance.