description du "modelcellulaire " : modèle cellulaire et moléculaire de l'action d'un LTc
- Précautions :
Le modèle s'ouvre sur un LTc déjà au contact d'un LT4 infecté. Ces deux entités sont immobilisées et représentatives d'un conjugué LTc-cellule cible. Le moment zéro de la simulation commence donc alors que ce conjugué s'est formé. Il est bien sûr possible (clic droit) de rechercher des informations sur les interactions moléculaires à l'origine de ce conjugué.
- Statut des entités moléculaires du modèle et de leur comportement par rapport à la réalité
Entités | description | Relation avec le point scientifique ; limites éventuelles du modèle |
| TCR-CD3 | entité désignant l'acollement d'un TCR (récepteur T) et d'une molécule CD3 de la membrane plasmique d'un LTc | Le complexe TCR-CD3 est indispensable à la reconnaissance de la cellule infectée : c'est ce complexe TCR-CD3 d'un LTc qui reconnait l'antigène associé à des molécules de classe I du CMH de la cellule cible. On peut visualiser cette reconnaissance à l'ouverture du modèle, toutefois le modèle présente l'association TCR-CD3 au moyen d'une seule entité. |
| Ag et CMH classe 1 | Ag est une entité représentant un fragment peptidique viral ; il est exposé par la cellule cible via une molécule du CMH de classe I ancrée dans la membrane plasmique. | L'exposition d'un fragment peptidique viral est une condition nécessaire à la destruction de la cellule cible (cf modèles in vivo et in vitro). On peut visualiser cette présentation à l'ouverture du modèle. |
| perforine | monomère de perforine | Le déversement des monomères de perforine dans le milieu extra-cellulaire, à proximité de la jonction LTC-cellule cible, est observable Au niveau du cytoplasme du LTc, le modèle ne présente pas les granules mais simplement les monomères de perforine qu'ils contiennent. Le mécanisme cellulaire de l'exocytose n'est donc pas représenté. |
| granzyme | molécule de la famille des serine proteases. On appelle également fragmentine cette molécule. | Le déversement des molécules de granzymes dans le milieu extra-cellulaire, à proximité de la jonction LTc-cellule cible est observable Au niveau du cytoplasme du LTc, le modèle ne présente pas les granules mais simplement les granzymes qu'ils contiennent. Le mécanisme cellulaire de l'exocytose n'est donc pas représenté. |
| polyperforine et pore | polymère de perforine à l'origine de la mise en place d'un pore dans la membrane de la cellule cible | L'apparition de pores au sein de la membrane de cellule cible est visible lors de la simulation ; elle est concomittante de la diminution de la quantité de perforine monomérique extracellulaire (cette dernière polymérisant pour former les pores) ; elle facilite l'entrée des granzymes dans la cellule cible. |
| ADN | ADN de la cellule cible | Après la mise en place de nombreux pores cellulaires facilitant la pénétration des granzymes dans la cellule cible, une dégradation de l'ADN est observée. Le modèle met l'accent sur un signe typique de l'apoptose (fragmentation de l'ADN cellulaire) ; toutefois cette fragmentation ne peut pas être en réalité effectuée par les granzymes (ces dernières ne sont pas des endonucléases). Le modèle ne montre pas l'activation par les granzymes d'une cascade de protéines apoptotiques aboutissant à la mort de la cellule cible. |