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Recherche sur Treebase

Par salame — Dernière modification 19/09/2017 09:40

 

Un outil indispensable

  Treegraph2.png  Télécharger et installer au préalable un outil de visualisation des arbres au format Nexus. TreeGraph, en Java, est une bonne solution.

 


 Treebase.jpg Recherche sur Treebase

 

1 - Choisir Search TreeBASE

2 - Choisir Trees

3 -  Remplir les champs de recherche comme montré ci-dessous. Cliquer sur Search.

Treebase-Principes-recherche.jpg

 4 - Plusieurs milliers d'arbres sont trouvés (Attendre un peu que tous les affichages aient lieu).

5 - Cliquer sur TreeTitle.jpg pour les ranger par ordre alphabétique.

6 - Repérer l'arbre souhaité (attention au nombre de taxons), par exemple :

PhyloWidget.jpg

American.jpg

7 - Pour visualiser tout de suite (Java doit être installé sur la machine), cliquer sur le numéro de l'arbre (Tr1773 ici). PhyloWidget se lance et visualise l'arbre.

 Résultat-PhyloWidget.jpg

 

8 - Pour visualiser ultérieurement, cliquer sur la première icône text Nexus.jpg dont la légende quand on passe dessus est : Download Reconstructed Nexus File. Le navigateur propose l'enregistrement du fichier (format .nex).

9 - Lancer TreeGraph. Ouvrir un fichier .nex téléchargé.