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Tracer un arbre avec Phylogène

Par apothet — Dernière modification 29/09/2017 13:37

 

Présentation

Données

 

Activités

Fonctions avancées

 

Mises au point

Des Vertébrés

Des Primates

 

Cette fonction n'est disponible que dans la version destinée au lycée du logiciel Phylogène. dans la version destinée au collège, cette fonction peut s'activer au moment de la construction des groupes emboîtés.

  • La construction de l'arbre phylogénétique au collège

- Cette fonction apparaît lorsque la fonction "classer"est activée.

- L'arbre se construit en même temps que les groupes se forment par sélection successive des caractères.

 Voir la vidéo de présentation

tout.jpg toutfinal.jpg

- En cliquant sur les "noeud" correspondant aux ancêtres communs, on obtient des informations sur les caractères présents et la "boîte" correspondante s'entoure d'un halo jaune.

arbreclasser.gif

 Vidéo de la construction simultanée des groupes et de l'arbre de parenté

 

  • Tracer un arbre phylogénétique au lycée

Le cladogramme ne peut se construire qu'à partir d'une matrice taxons/caractères.

Tracé d'un cladogramme pas à pas
 

arbre1.jpg La seule hypothèse de départ est que tous les taxons choisis ont une origine commune (un même ancêtre commun)
arbre2.jpg Lorsque l'on choisit un caractère, un code couleur apparaît :
  • en jaune: état dérivé du caractère
  • en bleu : état primitif du caractère
arbre3.jpg Déplacement des branches de l'arbre:
  • cliquer sur la branche à déplacer avec le bouton gauche de la souris
  • sans lâcher ce bouton, déplacer la souris de façon à venir faire le branchement là où on le souhaite (lorsque le branchement est possible, un symbole apparaît : doigt pointé vers le haut pour un branchement simple ; symbole de multifurcation pour un branchemnt multiple)

Icônes
 

annul.jpg Annule les opérations réalisées (une par une)
zoomav.jpg Zoom avant. 
zoomarr.jpg Zoom arrière.
legende.jpg Affichage des légendes sur chaque branche (état du caractère), sous forme de texte par défaut ; pour un affichage des légendes sous forme numérique (codage : 0 pour l'état primitif,...), cliquer avec le bouton droit de la souris sur l'icône "L", puis choisir l'option souhaitée.
select.jpg Cette touche doit être enfoncée pour permettre le travail de permutation des branches et d'affichage du code couleur.
enracin.jpg Enracinement: cliquer sur cette icône, puis se placer sur une branche (ou sur un noeud) et cliquer à nouveau; la figure est alors enracinée sur le taxon choisi.
permut.jpg Permutation des branches autour d'un noeud: cliquer sur cette icône, puis se placer au niveau d'un noeud et cliquer à nouveau.
origine.jpg Annule toutes les opérations - retour au point de départ (origine commune à tous les taxons).