Le logiciel eBIODYN est basé sur la programmation multiagents. Ces agents ou entités sont contrôlés par des moteurs qui vont leur donner un certain nombre de comportements. Au cours de la vie de ces entités, les moteurs vont se relayer pour modéliser l'évolution des comportements au cours du temps et dans des situations différentes.
Les entité biologiques : Elles sont définis par leur taille et leur nom (étiquette)
Les environnements: Ils représentent les espaces de simulation au sein desquels s'animent les entités biologiques modélisées. On peut déterminer la taille de cet environnement et les entités qui y seront manipulées.
Les moteurs : Ils animent les entités biologiques. Ils sont de différentes natures et peuvent manipuler des entités différentes au cours du temps. Ils permettent de donner des comportements aux différentes entités biologiques.
moteur de déplacement : il définit la vitesse de déplacement de l'entité et la fréquence des changements de direction dans l'environnement.
moteur d'interaction : il permet de définir les entités qui interagissent et de déclencher d'autres moteurs lors de cette interaction.
moteur de lyse : il permet de lyser une entité biologique
moteur de clonage : il permet de cloner une entité biologique avec une certaine période que l'on peut définir.
moteur de différenciation : il permet de changer l'étiquette et l'aspect d'une entité biologique qui est animé alors par d'autres moteur et qui acquiert donc d'autres comportement
moteur de sécrétion : il permet la sécrétion de molécules dont on peut dfaire varier la quantité dans un ou plusieurs compartiments donnés.
Métamoteurs: ce sont des moteurs qui vont moduler le fonctionnement des moteurs
métamoteur filtre: il permet de moduler l'action d'un moteur sur une population d'entités biologiques.
métamoteur seuil : il permet de déclencher la mise en oeuvre d'un moteur à partir d'un seuil de concentration
Les outils: ils permettent de manipuler les entités biologiques ou d'aménager l'espace de simulation
prélever/injecter des molécules: cet outil permet de prélever ou d'injecter une quantité donnée de molécules dans un compartiment donné.
créer des entités : cet outil permet la création de nouvelles entités biologiques que l'on placera ensuite dans l'espace de simulation
délimiter des frontières : cet outil permet de créer des zones d'exclusion dans l'espace de simulation pour les entités biologiques
tracer des courbes : cet outil permet d'afficher sur un graphe, l'évolution quantitative des entités biologiques sélectionnées
L'horloge : elle lance la simulation en activant la mise en route des moteurs , des compartiments et des entités biologiques. On peut modifier la vitesse de simulation au cours de celle-ci.
