Microbiote intestinal : description du modèle numérique
- Aspect du modèle à l'ouverture
L'environnement du modèle microbiote_intestinal.nbd est un intestin. Afin que les entités soient confinées dans l'intestin, des contours ont été "cousus" autour de ce dernier.
Dans ce modèle, l'intestin renferme de nombreux exemplaires de trois groupes différents de bactéries afin de mimer la diversité et l'abondance des bactéries du microbiote. On sait en effet que quatre phyla (les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobacteria et les Proteobacteria) sont systématiquement retrouvés en majorité chez l’adulte et que parmi ces quatre groupes, les Firmicutes et les Bacteroidetes sont de loin les phyla les plus abondants (voir une figure de la composition du microbiote, tirée de Janeway's Immunobiology (8th ed, 2012). On nomme donc respectivement "bactérie1" et "bactérie2" les Firmicutes et les Bacteroidetes, et on réunit tous les autres phyla dans un troisième groupe nommé "bactérie3", moins abondant :
Bien entendu, le microbiote intestinal d'un organisme est en réalité beaucoup plus riche en phyla. Il existe d'autre part une densité croissante de bactéries depuis la partie avant de l'intestin vers le colon, qui n'a pas été prise en compte dans le modèle numérique.
- Présentation des entités :
| Entités déclarées dans le panel | |
| bactérie 1 | bactérie du groupe 1 (il s'agit des Firmicutes) appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin. |
| bactérie 2 | bactérie du groupe 2 (il s'agit des Bacteroidetes) appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin. |
| bactérie 3 | bactérie du groupe 3 (il s'agit des Proteobacteria et des Actinobacteria, moins abondantes que les Firmicutes et les Bacteroidetes) appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin. |
| bact-pathogène | bactérie pathogène, susceptible de provoquer une maladie |
| antibiotique | antibiotique prescrit par le médecin à l'occasion d'une infection |
| nutriment | nutriment issu de la digestion des aliments de l'organisme hôte |
Le choix du terme "nutriment" correspond ici à une simplification de la réalité. Les publications scientifiques soulignent que les aliments non digérés dans la partie supérieure du tractus digestif le sont par les bactéries du microbiote du colon. Le microbiote obtient ainsi une source de carbone et d'énergie.
| Entité non déclarée dans le panel, à découvrir (clic droit) lors des simulations | |
| bactéricide | substance pouvant tuer une bactérie |
Un bactéricide est ici synonyme de "substance bactériocine", terme scientifique qui désigne les substances produites par certaines bactéries et présentant des propriétés antibactériennes.
- Présentation des comportements :
| Nom du comportement | Description du comportement |
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