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Contenu des fichiers interactions avec des récepteurs

Par Naoum Salamé Dernière modification 05/03/2024 09:44

Contenu des fichiers interactions avec des récepteurs

Visualisation du domaine de fixation au récepteur ACE2 dans les "Spike" de Sars-CoV-1 et Sars-CoV2
Article de référence

- Learning from the past: possible urgent prevention and treatement options for severe acute respiratory infections caused by 2019-nCov.

Jared S. Morse et alli. First published: 05 February 2020.Chemistry Europe. Volume21, Issue5


Fichier de la zone de fixation au récepteur ACE2 (Spike)

Spike-CoV2-CoV1-Publication.edi

Séquence protéique. Région de 181 aa citée dans la publication.

Noter que la Cystéine de départ de l'alignement de la publication est numérotée 1 dans Anagène.

Comparaison des séquences

Alignement avec discontinuités

Résultats

Strictement conformes à la publication de Morse


  • Domaine de fixation au récepteur ACE2 pour sars-CoV-2, Sars-CoV-1, RaTG13 et Pangolin.

Domaine de fixation au récepteur ACE2.edi

Comparaison des séquences deux à deux

Alignement avec discontinuités

Résultats avec Anagène - Comparaison

Construction manuelle.

  Sars-CoV-2 Sars-CoV-1 RaTG13 Pangolin
Sars-CoV-2 0 72,4% 89% 96,7%
Sars-CoV-1   0 74% 72%
RaTG13     0 88,4%
Pangolin       0

RdRp (RNA Dependent RNA Polymerase)

RDRP-CoV1-CoV2.edi

Comparaison des séquences

Alignement avec discontinuités.

Résultats

Strictement conformes à la publication de Morse.


3CLpro (Chymotrypsine Like Protease)

3CLPRO-CoV1-CoV2.edi

Comparaison des séquences

Alignement avec discontinuités.

Résultats

Strictement conformes à la publication de Morse.


PLpro (Papaïne Like Protease)

PLPRO-CoV1-CoV2.edi

Comparaison des séquences

Alignement avec discontinuités.

Résultats

Strictement conformes à la publication de Morse.