Les anticorps solubles, des effecteurs spécifiques de leur antigène : stratégie de résolution
La piste suivie consiste à se familiariser avec l'organisation d'un anticorps et sa liaison avec son antigène, puis s'inspirer des propriétés connues des récepteurs T afin de proposer une explication à la spécificité des anticorps.
Découvrir l'organisation de l'anticorps entier et son site de liaison à l'antigène
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L'affichage d'un anticorps entier avec Rastop donne un premier aperçu de sa structure : Anticorps circulant humain, spécifique du lysozyme du blanc d'oeuf de poule Un anticorps, molécule en forme de "Y", est donc constitué de 4 chaînes d'acides aminés. Cette organisation peut être précisée en comparant les séquences des chaînes avec GénieGen ou Anagène :
Les séquences d'acides aminés des chaînes d'un anticorps sont donc deux à deux identiques : un anticorps est constitué de deux chaînes lourdes identiques (notées ici H et I) et deux chaînes légères identiques (notées ici L et M). |
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L'affichage d'un anticorps (un fragment seulement : une branche du Y) lié à son antigène montre la zone de reconnaissance et de liaison à l'antigène. Fragment Fab d'un anticorps de souris lié à son antigène, le lysozyme du blanc d'oeuf de poule On observe que la liaison d'un anticorps à son antigène spécifique s'effectue à l'extrémité des branches du "Y". On peut définir à présent la notion d'épitope (déterminant antigénique) : partie d'antigène à laquelle se lie l'anticorps qui la reconnaît. |
Proposer une hypothèse explicative de la spécificité des anticorps solubles
En tenant compte des connaissances sur la spécificité des récepteurs T, on peut supposer que les anticorps ont une variabilité de séquences qui explique leur spécificité. Si c'est le cas, les zones variables des anticorps doivent être situées là où l'anticorps se lie à son antigène, c'est-à dire à l'extrémité des Fab.
Eprouver l'hypothèse en comparant des anticorps de spécificités différentes
- Exploitation des séquences pour mettre en évidence une variabilité
On effectue avec un logiciel de traitement de séquences (GénieGen ou Anagène) une comparaison par alignement des portions de chaînes lourdes appartenant à des Fab de trois anticorps différents : un anticorps spécifique d'un épitope de l'hémagglutinine HA1 d'une souche A/H3N2 du virus Influenza, un anticorps spécifique d'un épitope de l'hémagglutinine HA1 d'une souche A/H1N1 du virus Influenza et un anticorps spécifique d'un épitope de l'hémagglutinine HA1 d'une souche B du virus Influenza.
Dans la portion de séquence comprise entre les positions 1 et 110, la dispersion importante des astérisques souligne le peu de similitude entre les séquences. Dans la portion de séquence située au delà de la position 110, on note au contraire une densité très importante d'astérisques, soulignant la très forte ressemblance entre les séquences.
On effectue d'autre part la comparaison par alignement des chaînes légères des Fab :
Dans la portion de séquence comprise entre les positions 1 et 100, la dispersion importante des astérisques souligne le peu de similitude entre les séquences. Dans la portion de séquence située au delà de la position 100, on note au contraire une densité très importante d'astérisques, soulignant la très forte ressemblance entre les séquences.
Ainsi, à l'instar des chaînes des récepteurs T, les chaînes polypeptidiques de différents anticorps possèdent un domaine constant (dont la séquence en acides aminés est similaire d'un anticorps à l'autre) et un domaine variable (dont la séquence en acides aminés diffère d'un anticorps à l'autre).
- Traitement des modèles moléculaires pour localiser la variabilité
La variabilité des séquences des Fab étant identifiée, il reste à vérifier que c'est bien au niveau du domaine variable que se fait la liaison à l'antigène. Pour cela, on traite sélectivement, avec Rastop, l'antigène (ci-dessous en sphères rouges) et la partie variable (ci-dessous en feuillets, c'est-à dire en rubans dans le "langage" du logiciel Rastop) de l'anticorps dans chaque modèle moléculaire de Fab lié à son antigène spécifique.
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Fab d'un anticorps de souris lié à une région de l'hémagglutinine HA1 d'une souche A/H3N2 du virus Influenza |
Fab de l'anticorps CH67 humain lié à une région de l'hémagglutinine HA1 d'une souche A/H1N1 du virus Influenza |
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Fab de l'anticorps CR8071 humain lié à une région de l'hémagglutinine HA1 d'une souche B du virus Influenza |
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Complexe immun associant 3 Fab d'anticorps humain H5M9 liés à un trimère d'hémagglutinine (HA1 et HA2) de la souche A/H5N1 du virus Influenza |
Pour chaque modèle moléculaire, on constate que la liaison de l'anticorps à l'antigène mobilise le domaine variable du Fab. On aura donc démontré que les anticorps, protéines constituées d'une partie constante et d'une partie variable, ont une spécificité qui est due à la partie variable.
L'ensemble de la démarche permet d'aboutir à un schéma montrant l'organisation fonctionnelle d'une molécule d'anticorps.
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