Présentation du modèle utilisé pour la mise en évidence de la symbiose
À son ouverture, le modèle a cet aspect :
L'environnement du modèle est un intestin. Afin que les entités (bactéries du microbote, nutriments et éventuelles bactéries pathogènes) soient confinées dans l'intestin, des contours ont été "cousus" autour de ce dernier. Il faudra veiller à ne pas les gommer lors de l’utilisation du modèle.
Dans ce modèle, l'intestin renferme de nombreux exemplaires de trois groupes différents de bactéries afin de mimer la diversité et l'abondance des bactéries du microbiote. On sait en effet que quatre phyla (les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobacteria et les Proteobacteria) sont systématiquement retrouvés en majorité chez l’adulte et que parmi ces quatre groupes, les Firmicutes et les Bacteroidetes sont de loin les phyla les plus abondants On nomme donc respectivement "bactérie1" et "bactérie2" les Firmicutes et les Bacteroidetes, et on réunit tous les autres phyla dans un troisième groupe nommé "bactérie3", moins abondant.
Bien entendu, le microbiote intestinal d'un organisme est en réalité beaucoup plus riche en phyla. Il existe d'autre part une densité croissante de bactéries depuis la partie antérieure de l'intestin vers le colon, qui n'a pas été prise en compte dans le modèle numérique.
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Entités déclarées dans le panel |
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bactérie 1 |
bactérie du groupe 1 : il s'agit des Firmicutes appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin |
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bactérie 2 |
bactérie du groupe 2 : il s'agit des Bacteroidetes appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin |
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bactérie 3 |
bactérie du groupe 3 : il s'agit essentiellement des Proteobacteria et des Actinobacteria, moins abondants que les Firmicutes et les Bacteroidetes, appartenant aux communautés bactériennes vivant en harmonie dans l'intestin |
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nutriment |
nutriment issu de la digestion des aliments de l'organisme hôte Le choix du terme "nutriment" correspond ici à une simplification intentionnelle de la réalité. Les publications scientifiques soulignent que les aliments non digérés dans la partie antérieure du tractus digestif le sont par les bactéries du microbiote du colon. Le microbiote obtient ainsi une source de carbone et d'énergie. |
| bact-pathogène | bactérie pathogène, susceptible de s'introduire dans le microbiote et de provoquer une maladie |