La Taxinomie (ou taxonomie) actuelle des champignons
Les champignons ayant acquis le statut de Règne à part entière au sein du vivant, le terme général les décrivant est le latin Fungi (également utilisé en anglais), en français Champignons (sous-entendu au sens strict). Aussi les termes classiques et plus particulièrement Basidiomycètes et Ascomycètes (qui ont valeur de Classe) ne conviennent plus et doivent (devraient!) être abandonnés. On doit leur substituer les termes Basidiomycota et Ascomycota montrant par-là leur rang de Phylum ou Embranchement.
Toutefois on verra aussi apparaître ici ou là les termes Mycota pour désigner l'ensemble des champignons (au sens "moderne" du terme) ou encore Eumycota (ou champignons vrais puisque certaines espèces de la taxinomie classique des champignons ne sont plus reconnues aujourd'hui comme étant des champignons "vrais". Mais comme -mycètes jadis accompagnait des groupes d'êtres vivants dont on avait tout lieu de penser qu'ils n'étaient pas de véritables champignons, -mycota accompagne aujourd'hui encore des groupes d'êtres vivants dont on sait pertinemment qu'ils ne sont pas des champignons! Aussi le gain de précision que devrait représenter la racine mycota s'est manifestement dilué, heurté, compromis, etc. face aux bonnes et mauvaises habitudes de pratique nomenclaturale... Nous contribuerons à ces mauvaises pratiques en conservant ici les termes Ascomycètes et Basidiomycètes qui nous semblent plus familiers dans l'enseignement secondaire et finalement bien souvent aussi dans le fonctionnement quotidien des laboratoires de mycologie. Par contre ces règles restent incontournables dans le domaine de la publication scientifique et il convient donc de connaitre les équivalences entre les différentes nomenclatures.
Les grands groupes de Mycota ou "champignons vrais" actuellement admis sont (classés par ordre de détachement du rameau commun et donc par ancienneté d'émergence :
- les Microsporidiomycota (ex. Microsporidies),
- les Chytridiomycota (ex. Chytridiomycètes),
- les Zygomycota (ex. Zygomycètes),
- les Gloméromycota (ex. Glomales),
- les Basidiomycota (ex. Basidiomycètes), et
- les Ascomycota (ex. Ascomycètes).
Enfin, chose amusante si l'on veut, les champignons qui initialement avaient été rangés près des végétaux faute d'attributs suffisants pour "mériter" d'être associés aux animaux avec lesquels ils partagaient pourtant le caractère d'hétérotrophie, ont récemment été rapprochés des animaux grâce aux études phylogénétiques [pour aller plus loin...].
Voir un exemple de phylogénie moléculaire illustrant cela (Selosse et Durieu, 2003).
