tableau du calcul d'un indice de thermostabilité des acides aminés
Par Hervé Levesque
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Dernière modification
04/07/2016 10:34
différentes données de la littérature, pour partie hétérogènes, ont été regroupées et sont utilisées pour bâtir un indice moyen que l'on souhaite suffisamment robuste en ayant en quelque sorte gommé les biais des indices initiaux dont on fait ici la moyenne
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| A | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | P | Q | R | S | T | V | W | Y | ||
| Berezovsky & coll., 2007 | -2 | -1 | 2 | 2 | -1 | -2 | -2 | -1 | 2 | -1 | -1 | -2 | -1 | -2 | 2 | -2 | -2 | -1 | -1 | -2 | |
| Farias & Bonato, 2003 | -1 | -1 | 0 | 1 | 0 | 0 | -1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | -1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | |
| Haney & coll., 1999 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | -1 | -1 | 1 | 1 | 0 | -2 | -2 | 1 | -2 | 2 | -2 | -1 | 0 | 1 | 1 | |
| McDonald & coll., 1999 | 0 | 0 | -1 | -1 | 0 | 0 | 0 | 0 | -1 | 0 | 0 | -1 | 1 | 0 | 2 | -2 | -1 | 0 | 2 | 0 | |
| McDonald & coll., 1999 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | -1 | 0 | 1 | 1 | 0 | -1 | -1 | 1 | -1 | 2 | -2 | -1 | 0 | 2 | 1 | |
| McDonald, 2001 | 0 | -2 | -2 | 2 | 2 | -1 | 0 | 0 | 1 | 2 | -1 | -2 | 2 | -1 | 2 | -2 | -2 | 0 | 2 | 2 | |
| Mizuguchi & coll., 2006 | 1 | -2 | 0 | 2 | -2 | 0 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0 | -1 | 0 | -2 | 1 | -2 | -2 | 2 | -2 | 0 | |
| Parthasarathy & Murphy, 2000 | 1 | -1 | 0 | 2 | -1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | -1 | 1 | -2 | -2 | 1 | 0 | 1 | |
| Veille & Zeikus, 2001 | -1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | -1 | 1 | -2 | 1 | -1 | -1 | 2 | 0 | 1 | |
| Yamashita & coll., 2001 | -1 | -2 | -1 | 1 | 0 | 0 | -2 | 0 | 1 | -1 | 0 | -1 | 0 | -2 | 0 | -1 | -1 | 1 | 0 | 1 | |
| acide aminé | A | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | P | Q | R | S | T | V | W | Y | |
| moyenne | -0,2 | -0,9 | -0,2 | 1,3 | -0,2 | -0,5 | -0,7 | 0,5 | 0,9 | 0,1 | -0,5 | -1,1 | 0,5 | -1,4 | 1,3 | -1,6 | -1,3 | 0,5 | 0,4 | 0,6 | |
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| contribue (valeur +) ou ne contribue pas (valeur -), beaucoup (2), un peu (1), pas du tout (0) à la thermostabilité | |||||||||||||||||||||
| A = alanine | M = méthionine | ||||||||||||||||||||
| C = cystéine | N = asparagine | ||||||||||||||||||||
| D = acide aspartique | P = proline | ||||||||||||||||||||
| E = acide glutamique | Q = glutamine | ||||||||||||||||||||
| F = phénylalanine | R = arginine | ||||||||||||||||||||
| G = glycine | S = sérine | ||||||||||||||||||||
| H = histidine | T = thréonine | ||||||||||||||||||||
| I = isoleucine | V = valine | ||||||||||||||||||||
| K = lysine | W = tryptophane | ||||||||||||||||||||
| L = leucine | Y = tyrosine | ||||||||||||||||||||