Pour aller plus loin... résultats et informations obtenus
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A propos du modèle in vivo plus :
Dans l'expérience de référence, les auteurs ont constaté que le virus était éliminé au bout de 10 jours chez les souris témoins. Chez les souris déficientes en les deux voies de fonctionnement, le virus n’est pas éliminé au bout de 14 jours. Chez les souris déficientes en une voie de fonctionnement, le virus est éliminé quasiment à chaque fois, mais le délai est légèrement plus long : il faut 14 jours.
Evolution au cours du temps de la concentration du virus dans les poumons de souris après infection par le virus de la grippe selon les caractéristiques des souris chimères (figure modifiée d'après la figure 3 de l'article de référence) - chaque symbole correspond à une souris
Le modèle utilisé avec le logiciel Netbiodyn rend compte de ces observations : bien que l'évolution du nombre de virus libres dépende de la simulation à cause du hasard des rencontres des entités, on observe des différences selon les types de LTc.
Ces différences concernent le nombre de virus libres obtenus et le temps pour que les virus aient complètement disparu.
| Caractéristiques des LTc | Temps zéro | Résultat après la simulation |
| Normaux |  |
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Déficients en perforine ou Fas P+/+ Fas-/- OU P-/- Fas +/+ |
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| Déficients en perforine et dans la voie du Fas : P-/- Fas -/- |  |
Résultats obtenus avec le modèle selon le type de LTc mis en présence des cellules pulmonaires
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A propos du modèle cellulaire :
La détermination des entités présentes dans les deux cellules et leur devenir permet de décrire les étapes de destruction de la cellule infectée.
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Entités |
description | Relation avec le point scientifique ; limites éventuelles du modèle |
| TCR-CD3 | entité désignant l'accolement d'un TCR (récepteur T) et d'une molécule CD3 de la membrane plasmique d'un LTc |
Le complexe TCR-CD3 est indispensable à la reconnaissance de la cellule infectée : c'est ce complexe TCR-CD3 d'un LTc qui reconnait l'antigène associé à des molécules de classe I du CMH de la cellule cible. On peut visualiser cette reconnaissance à l'ouverture du modèle, toutefois le modèle présente l'association TCR-CD3 au moyen d'une seule entité. |
| Ag et CMH classe 1 | Ag est une entité représentant un fragment peptidique viral ; il est exposé par la cellule cible via une molécule du CMH de classe I ancrée dans la membrane plasmique. |
L'exposition d'un fragment peptidique viral est une condition nécessaire à la destruction de la cellule cible (cf modèles in vivo et in vitro). On peut visualiser cette présentation à l'ouverture du modèle. |
| perforine | monomère de perforine | Le déversement des monomères de perforine dans le milieu extra-cellulaire, à proximité de la jonction LTC-cellule cible, est observable Au niveau du cytoplasme du LTc, le modèle ne présente pas les granules mais simplement les monomères de perforine qu'ils contiennent. Le mécanisme cellulaire de l'exocytose n'est donc pas représenté. |
| granzyme | molécule de la famille des proteases à sérine. On appelle également fragmentine cette molécule. | Le déversement des molécules de granzymes dans le milieu extra-cellulaire, à proximité de la jonction LTc-cellule cible est observable Au niveau du cytoplasme du LTc, le modèle ne présente pas les granules mais simplement les granzymes qu'ils contiennent. Le mécanisme cellulaire de l'exocytose n'est donc pas représenté. |
| polyperforine et pore | polymère de perforine à l'origine de la mise en place d'un pore dans la membrane de la cellule cible | L'apparition de pores au sein de la membrane de cellule cible est visible lors de la simulation ; elle est concomitante de la diminution de la quantité de perforine monomérique extracellulaire (cette dernière polymérisant pour former les pores) ; elle facilite l'entrée des granzymes dans la cellule cible. |
| Fas | molécule membranaire de la cellule cible ayant un ligand dans la membrane du LTc : le Fas L | La liaison de molécules Fas avec des molécules FasL du LTc active "la voie du Fas " conduisant à l'apoptose de la cellule grâce à l'activation de procaspases |
| FasL | molécule membranaire du LTc se liant au Fas de la cellule cible | La liaison de molécules FasL à des molécules Fas active la " voie du Fas", c'est-à-dire la conversion de procaspases en caspases |
| procaspase | molécule du LTc liée au FasL |
La procaspase est activée en caspase, ce qui initie une cascade de réactions, conduisant à l'apoptose de la cellule Dans le modèle, la procaspase est mobile et se transforme en caspase, capable de lyser l'ADN |
| caspase | protéine enzymatique active issue d'une procaspase | la liaison Fas-FasL active la procaspase, qui devient une caspase |
| ADN | ADN de la cellule cible |
Après la mise en place de nombreux pores cellulaires facilitant la pénétration des granzymes dans la cellule cible, une dégradation de l'ADN est observée. De même, après la liaison entre Fas et FasL, une dégradation de l'ADN de la cellule cible se produit. Le modèle met l'accent sur un signe typique de l'apoptose (fragmentation de l'ADN cellulaire) ; toutefois cette fragmentation ne peut pas être en réalité directement effectuée par les granzymes (ces dernières ne sont pas des endonucléases) ni par le FasL. Le modèle ne montre pas l'activation d'une cascade de protéines apoptotiques aboutissant à la mort de la cellule cible. |