La mesure du développement racinaire
Travail réalisé par Pascale Naim
La mesure du développement racinaire grâce à un logiciel EZ-Rhizo
EZ-Rhizo: logiciel intégré pour la mesure rapide et précise de l'architecture du système racinaire Armengaud. P, Zambaux. K, Hils. Un Sulpice,. R, Pattison. R. J, Blatt. M. R, Amtmann. A, (2009).
TELECHARGEMENT DU LOGICIEL : Download application package (en bas de page)
tutoriel en bas de page
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Pour analyser des images de racines cultivées en deux dimensions sur des supports tels que des plaques de gélose.
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Pour détecter et traiter des images d’architectures racinaires, issues de scanner ou d’appareils photos, par un système semi-aotumatisé
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Pour stocker les données traitées dans une base de données et les analyser par requêtes.
EZ-Rhizo permet une acquisition précise et rapide des paramètres morphologiques des racines à partir d'une boite de Pétri numérisée ou de photos de rhizotrons.
Le format .bmp est obligatoire.
Le programme mesure une dizaine de paramètres primaires comme le chemin parcouru par la racine principale, le vecteur associé, l’angle de ce vecteur avec la verticale, le nombre de racines latérales, leur longueur, mesures répétées pour chaque ordre racinaire.
Il mesure aussi des paramètres dérivés comme la profondeur, la différenciation de zones de la racine ( apicale, branchée, basale).
Les données collectées sont organisées dans une base de données (mySQL) associée au logiciel et sont interrogeables par une fenêtre de requête pour l'export et la manipulation sous Excel.
EZ-Rhizo n'est disponible qu'en anglais et fonctionne uniquement sous Windows.
Attention : EZ-Rhizo ne gère pas les racines superposées ou celles qui se croisent. Une étape d'édition manuelle est incluse dans le protocole d'analyse pour corriger les imperfections des images.
Le tutoriel du logiciel est disponible en intégralité et en anglais, dans le dossier d’installation du logiciel à l’adresse suivante : http://www.psrg.org.uk/plant-biometrics.html
EZ-Rhizo propose l’installation conjointe de la version 1.8 de Easy PHP. Si à la suite de l’installation, l’ordinateur vous propose une mise à jour sur une version plus récente, il faut la refuser !
Quelques étapes du traitement des images dans le tutoriel EZ Rhizo
(1) Pour préparer l’image à la détection des racines,
(2) Pour détecter et mesurer un certain nombre de paramètres,
(3) Pour sauvegarder et utiliser les données.
Barre d'outils EZ-RHIZO et icônes essentielles.
EZ-Rhizo : Tutoriel en images (format pdf)
► Observation de l'architecture racinaire