Des mycètes (mycota) qui ne sont plus des champignons!

Beaucoup d'organismes dont en quelque sorte le seul mérite était d'être des hétérotrophes ayant une croissance mycélienne ont été rangés parmi les champignons. Ce n'est que progressivement que ceux-ci en ont été délogés!

1.  Des bactéries se cachaient parmi les champignons. On peut rappeler l'anecdote du Mycoderma aceti dénommé ainsi par Louis Pasteur qui s'est avéré par la suite être une bactérie. Les Mycobactéries responsables de graves pathologies dont le préfixe myco- pourrait laisser croire qu'il s'agit de champignons. On peut citer également les Actinomycètes ou Streptomycètes, deux termes synonymes que l'on doit maintenant remplacer par Actinobactéries, ou Streptobactéries - à l'image des anciennes Cyanophytes (Cyanophycées) qui n'étant pas des "algues" sont devenues les Cyanobactéries. Les Myxobactéries sont un autre exemple d'un groupe de bactéries dont le préfixe myxo- les rapproche des Myxomycètes (eucaryotes qui eux-mêmes ne sont plus officiellement des champignons!), racine qui étymologiquement est proche de mucus et donc se rapproche de moisissure. L'ensemble de ces procaryotes (organismes dont la cellule est dépourvue d'un véritable noyau) a été exclu du groupe des champignons et - par ailleurs - l'ancien terme de Schizomycètes pour qualifier l'ensemble des bactéries (dont la division cellulaire se fait par simple dédoublement ou scissiparité) a lui aussi été abandonné.
2. Des « algues », ou plus exactement "presque des algues" et donc "presque des végétaux" se cachaient parmi les champignons : car à y repenser quoi de plus trompeur qu'une algue déguisée en champignon simplement parce qu'elle a perdu la capacité de synthétiser la chlorophylle et de former des chloroplastes fonctionnels! On peut ainsi citer le genre Phytophthora à l'origine de maladies (les mildious) qu'il provoque chez les végétaux ; d'autres représentants sont des parasites d'animaux. Ce groupe d'organismes qualifiés d'Oomycètes (Oomycota) est apparenté à un groupe taxonomique comprenant également les "algues brunes" que la classification phylogénétique actuelle tient pour complètement indépendant de la "lignée verte" à l'origine des plantes et des algues vertes. On peut d'ailleurs s'étonner que n'étant plus considérés comme des champignons vrais, ce dernier groupe ait néanmoins conservé le suffixe -mycota!
3. Des "groupes énigmatiques" de protistes au positionnement hésitant entre un rapprochement tantôt avec les animaux (Zoomycètes...) tantôt avec les champignons, tantôt à part! Les Myxomycètes ou Mycétozoaires - également appelés moisissures visqueuses (angl. slime molds) - étaient traditionnellement rapprochées des champignons. Et d'ailleurs on les voit encore parfois qualifiés de Myxomycota. Pourtant la phylogénie moderne les en a clairement sorti définitivement et ce groupe a été en même temps démembré! Il présente tout un ensemble de caractéristiques biologiques intéressantes, très étudiées, en particulier sur le plan du développement. On les qualifie également d'amibes "sociales".
4. Au contraire, certains groupes d’êtres vivants (c’est le cas des Chytridiomycètes) initialement séparés des champignons les ont finalement rejoints. Ajoutons aussi les microsporidies qui sont maintenant rapprochées des champignons.

Bref un grand ramdam !